User Tools

Site Tools


16s_rrna_sequencing_data_types

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Last revision Both sides next revision
16s_rrna_sequencing_data_types [2019/09/12 08:23]
hyjeong [Sequence join 방법]
16s_rrna_sequencing_data_types [2019/09/12 20:47]
hyjeong [Gopalakrishnan 등(Science 2018)의 논문 자료]
Line 24: Line 24:
 ==== Gopalakrishnan 등(Science 2018)의 논문 자료 ==== ==== Gopalakrishnan 등(Science 2018)의 논문 자료 ====
   * Gut microbiome modulates response to anti–PD-1 immunotherapy in melanoma patients. Gopalakrishnan et al., Science 359, (2018)   * Gut microbiome modulates response to anti–PD-1 immunotherapy in melanoma patients. Gopalakrishnan et al., Science 359, (2018)
-  * European Nucelotide Archive under accession numbers [[https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2218758|PRJEB22894]] (fecal 16S), [[https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2211632|PRJEB22874]] (oral 16S), [[https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2218759|PRJEB22895]] (murine 16S) , and [[https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2218740|PRJEB22893]] (fecal WGS). <= 링크한 URL은 실제 데이터가 보이는 "Experiment"에 해당함.+  * European Nucelotide Archive under accession numbers [[https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2218758|PRJEB22894]] (fecal 16S), [[https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2211632|PRJEB22874]] (oral 16S), [[https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2218759|PRJEB22895]] (murine 16S), and [[https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERX2218740|PRJEB22893]] (fecal WGS). <= 링크한 URL은 실제 데이터가 보이는 "Experiment"에 해당함.
  
 여기서 다운로드한 시퀀싱 파일은 서열 ID 라인에 샘플 정보를 담고 있지만 하나의 파일에 모든 샘플의 것이 수록된 상태이다. 따라서 ID를 참조하여 demultiplexing을 해야 된다. 그러나 QIIME 스크립트로는 전환할 수가 없으므로 [[http://blog.genoglobe.com/2019/09/awk-fasta-file-splitter.html|AWK를 이용한 fasta file splitter]]에서 소개한 방법을 사용하라. 여기서 다운로드한 시퀀싱 파일은 서열 ID 라인에 샘플 정보를 담고 있지만 하나의 파일에 모든 샘플의 것이 수록된 상태이다. 따라서 ID를 참조하여 demultiplexing을 해야 된다. 그러나 QIIME 스크립트로는 전환할 수가 없으므로 [[http://blog.genoglobe.com/2019/09/awk-fasta-file-splitter.html|AWK를 이용한 fasta file splitter]]에서 소개한 방법을 사용하라.
16s_rrna_sequencing_data_types.txt · Last modified: 2019/09/16 17:17 by hyjeong