User Tools

Site Tools


16s_rrna_sequencing_data_types

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
16s_rrna_sequencing_data_types [2019/09/12 20:47]
hyjeong [Gopalakrishnan 등(Science 2018)의 논문 자료]
16s_rrna_sequencing_data_types [2019/09/16 17:17] (current)
hyjeong
Line 67: Line 67:
  
   $ multiple_split_libraries_fastq.py -i output_jpe -o output_mslf --include_input_dir_path --remove_filepath_in_name   $ multiple_split_libraries_fastq.py -i output_jpe -o output_mslf --include_input_dir_path --remove_filepath_in_name
-실행이 완료되면 $PWD/​output_mslf/​seqs.fna가 만들어진다. 샘플에 따라서는 간혹 "​skbio.parse.sequences._exception.FastqParseError:​ Failed qual conversion for seq id: 2. This may be because you passed an incorrect value for phred_offset."​ 에러가 발생한다. split_libraries_fastq.py를 실행할 때에는 --phred_score 33 옵션을 주어 해결했으나 multiple_split_libraries_fastq.py에서는 어떻게 해야 좋을지 모르겠다.+실행이 완료되면 $PWD/​output_mslf/​seqs.fna가 만들어진다. 샘플에 따라서는 간혹 "​skbio.parse.sequences._exception.FastqParseError:​ Failed qual conversion for seq id: 2. This may be because you passed an incorrect value for phred_offset."​ 에러가 발생한다. split_libraries_fastq.py를 실행할 때에는 ​%%--%%phred_score 33 옵션을 주어 해결했으나 multiple_split_libraries_fastq.py에서는 어떻게 해야 좋을지 모르겠다.
  
-혹은 다음의 트릭을 사용하여 quality filtering이 가능한 split_libraries_fastq.py로 sequence join을 할 수도 있다. -i와 %%--%%sample_ids에 제공할 문자열 묶음(콤마로 연결됨)을 만들어내는 것이 관건이다. 맨 마지막의 unset 명령어는 만약 코드를 복사하거나 옮겨적어서 실행하다가 실수가 있어서 다시 실행할 때를 대비하여 변수 sl과 bl을 초기화하는 것이다. 이 명령이 없으면 sl과 bl의 값은 계속 길어진다. split_libraries_fastq.py를 사용할 때 원래 phred encoding을 자동으로 검출하지만 간혹 에러가 발생할 수 있으니 명시적으로 --phred_score 33 옵션을 주는 것이 바람직하다.+혹은 다음의 트릭을 사용하여 quality filtering이 가능한 split_libraries_fastq.py로 sequence join을 할 수도 있다. -i와 %%--%%sample_ids에 제공할 문자열 묶음(콤마로 연결됨)을 만들어내는 것이 관건이다. 맨 마지막의 unset 명령어는 만약 코드를 복사하거나 옮겨적어서 실행하다가 실수가 있어서 다시 실행할 때를 대비하여 변수 sl과 bl을 초기화하는 것이다. 이 명령이 없으면 sl과 bl의 값은 계속 길어진다. split_libraries_fastq.py를 사용할 때 원래 phred encoding을 자동으로 검출하지만 간혹 에러가 발생할 수 있으니 명시적으로 ​%%--%%phred_score 33 옵션을 주는 것이 바람직하다.
  
  
16s_rrna_sequencing_data_types.txt · Last modified: 2019/09/16 17:17 by hyjeong