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hyjeong [All about Illumina sequence assembly for microbial genomes]
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hyjeong [A5-miseq]
Line 103: Line 103:
   $ /​usr/​local/​apps/​ngopt/​bin/​a5_pipeline.pl --threads=24 file_1.fastq.gz file_2.fastq.gz a5-out   $ /​usr/​local/​apps/​ngopt/​bin/​a5_pipeline.pl --threads=24 file_1.fastq.gz file_2.fastq.gz a5-out
 === 2. Mixed mode === === 2. Mixed mode ===
-교정을 마친 read file을 a5-out.ec.fastq로 명명해 둔다. 원본 파일(file.pe.fq)과 이름을 맞추지 않아도 된다. mixed mode에서 인수로 주어지는 file.pe.fq(염기 교정 전)은 실제로는 scaffolding에만 쓰인다. 따라서 a5-out.ec.fastq를 인수로 주어도 상관이 없을 것이다.+교정을 마친 read file을 a5-out.**ec.fastq**로 명명해 둔다. 원본 파일(file.pe.fq)과 이름을 맞추지 않아도 된다. mixed mode에서 인수로 주어지는 file.pe.fq(염기 교정 전)은 실제로는 scaffolding에만 쓰인다. 따라서 a5-out.ec.fastq를 인수로 주어도 상관이 없을 것이다.
   $ /​usr/​local/​apps/​ngopt/​bin/​a5_pipeline.pl --threads=24 --begin=2 --end=5 file.pe.fq a5-out   $ /​usr/​local/​apps/​ngopt/​bin/​a5_pipeline.pl --threads=24 --begin=2 --end=5 file.pe.fq a5-out
  
all_about_illumina_sequence_assembly_for_microbial_genomes.txt · Last modified: 2017/10/13 17:15 by hyjeong