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detection_of_recombination_in_bacterial_genomes

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detection_of_recombination_in_bacterial_genomes [2018/06/18 09:20]
hyjeong [Gubbins]
detection_of_recombination_in_bacterial_genomes [2018/06/25 13:39] (current)
hyjeong [Snippy]
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 /​data/​anaconda2/​bin/​freebayes-parallel의 40번째 라인을 찾아가서 위 두 가지 유틸리티 앞에 붙은 상대경로를 지워버렸다. 이렇게 하니 비로소 정상적인 실행이 되었다. 일반적인 실행 방법은 다음과 같다. /​data/​anaconda2/​bin/​freebayes-parallel의 40번째 라인을 찾아가서 위 두 가지 유틸리티 앞에 붙은 상대경로를 지워버렸다. 이렇게 하니 비로소 정상적인 실행이 되었다. 일반적인 실행 방법은 다음과 같다.
  
-  $ snippy --cpus 16 outdir mysnps --ref E_coli.gbk --R1 read_1.fastq.gz --R2 read_2.fastq.gz+  $ snippy --cpus 16 --outdir mysnps --ref E_coli.gbk --R1 read_1.fastq.gz --R2 read_2.fastq.gz
   $ snippy-core --prefix core mysnps1 mysnps2 mysnps2 ​   $ snippy-core --prefix core mysnps1 mysnps2 mysnps2 ​
 snippy-core 결과물인 core.full.aln(whole genome SNP alignment including invariant sites)을 gubbins에 이용하면 된다. snippy-core 결과물인 core.full.aln(whole genome SNP alignment including invariant sites)을 gubbins에 이용하면 된다.
detection_of_recombination_in_bacterial_genomes.txt · Last modified: 2018/06/25 13:39 by hyjeong