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extracting_mapped_reads

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extracting_mapped_reads [2018/05/18 10:27]
hyjeong [Mapped read를 pair 형태로 꺼내는 방법]
extracting_mapped_reads [2018/06/08 13:42] (current)
hyjeong [Mapped read를 pair 형태로 꺼내는 방법]
Line 34: Line 34:
   $ cat list_both list_single > list_all   $ cat list_both list_single > list_all
   $ seqtk subseq reads_1.fastq list_all > subset_1.fastq   $ seqtk subseq reads_1.fastq list_all > subset_1.fastq
-  $ seqtk subseq reads_2.fastq list_all > subset_1.fastq+  $ seqtk subseq reads_2.fastq list_all > subset_2.fastq
   ​   ​
 {{:​20180518_2.png?​400|}} {{:​20180518_2.png?​400|}}
  
 첫번째 명령에서는 samtools view의 출력물 중에서 홀수 라인만을 추출하였다. 이렇게 하지 않으면 read name이 연달아 두 줄에 나타나기 때문이다(pair이므로) 첫번째 명령에서는 samtools view의 출력물 중에서 홀수 라인만을 추출하였다. 이렇게 하지 않으면 read name이 연달아 두 줄에 나타나기 때문이다(pair이므로)
extracting_mapped_reads.txt · Last modified: 2018/06/08 13:42 by hyjeong