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genome_annotation

Prokaryotic genome annotation

RAST server

NCBI PGAP (Prokaryotic Genome Annotation Pipeline)

DOE-JGI IMG

Prokka

위에서 소개한 방법들은 전부 genome sequence를 외부에 보내어서 주석화를 실시하는 것이다. 만약 소중한 나의 유전체 정보가 어디론가 새어나갈것 같은 불안감이 있다면, 리눅스 서버에 Prokka를 설치하여 직접 주석화를 하면 된다.

나의 서버에는 최소한 두 곳에 prokka가 설치된 상태이다. DB 업데이트도 겸하여 제3의 위치에 git 명령어로 클로닝을 하였다. 클로닝 뒤에는 다음 명령으로 데이터베이스의 색인을 생성한다.

$ prokka/bin/prokka --setupdb

다음으로 prokka/bin을 PATH에 설정하는 것으로 실행 준비는 전부 끝난다.

Bioconda를 통한 설치

based environment에 설치하면 된다. — Haeyoung Jeong 2018/08/20 11:00

실행 방법

Prokka GitHub 사이트의 Invoking Prokka 항목을 참조하라.

$ prokka --kingdom Bacteria --outdir prokka_180820 --genus Escherichia --locustag LCV --rfam --cpus 24 pilon.fasta

Locus tag을 지정하지 않으면 –outdir로 지정된 디렉토리 안에 같은 이름을 접두사로 하는 파일들이 생긴다.

genome_annotation.txt · Last modified: 2018/08/20 15:26 by hyjeong