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2019년 11월 교육 자료
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2019년 11월 교육 자료
CONCOCT, MaxBin, metaBAT…
Draft genome sequences of nine cyanobacterial strains from diverse habitats 본격적인 metagenome 연구와는 분명히 거리가 있으나 metagenome 연구 방법을 활용해야 하는 순간이 있다. 내가 연구하고자 하는 세균의 시퀀싱 결과를 얻었지만 피치못하게 오염이 존재하거나 또는 자연계에서 다른 세균과 공생 상태로 사는 경우이다. 수많은 contig 중에서 target genome의 contig만을 분리하는 것뿐만 아니라 공존하는 타 세균의 다양성을 파악하는 것도 전부 중요하다. 담수에 범람하여 환경에 큰 해를 끼치는 녹조의 주범 남세균 유전체 시퀀싱도 그 중의 하나이다. 최근에 Microcystis aeruginosa 국내 분리종 2건에 대한 유전체 및 전사체 분석을 하면서 이런 문제를 충분히 경험하였다. 마침 9종의 남세균 시퀀싱을 하면서 최신 생명정보학 기법을 동원한 Genome Announcements 논문이 있어서 사용한 프로그램을 살펴보기로 하였다. NCBI WGS 에 등록된 서열의 contig 수는 92(Oscillatoria rosea NIES-208), 320(Nostoc calcicola FACHB-389), 34(Fischerella major NIES-592), 68(Hydrococcus rivularis NIES-593), 43(Chroogloeocystis siderophila NIES-1031), 243(Calothrix sp. NIES-2101), 90(Phormidium ambiguum NIES-2119), 179(Scytonema sp. NIES-2130), 44(Phormidium tenue NIES-30)이다. Microcystis aeruginosa는 포함되지 않았다.
GroopM, a companion of CheckM, can be used to recover genomes from metagenomic data.논문