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my_ncbi_submission [2016/03/11 08:24]
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hyjeong [2016]
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 +====== My NCBI Submission ======
 +===== 유의할 사항 =====
 +  - 등록 때에는 description이나 alias에 그저 생물학적 시료의 이름을 나열하는 것보다 좀 더 신경써서 기록하는 것이 나중에 도움이 된다. 웹 브라우저에서 가장 먼저 보이는 것은 title이 아니고 alias이므로 여기에 정보를 함축적으로 담는 것이 바람직하다. 특히 SRA의 Experiment level에서는 시퀀싱 플랫폼이 드러나게 alias를 설정하는 것도 좋을 것이다.
 +  - WGS으로 등록한 유전체 서열에 대해 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​genome/​annotation_prok/​|PGAP]](Prokaryotic Genome Annotation Pipeline)을 요청하면 특별한 문제가 없는한 이틀 정도 후에 이메일로 PGAP이 완료되었으니 원하면 결과물을 수정하라는 통보가 온다. 등록 당시 데이터 공개일을 '​즉시'​로 요청한 경우에는 PGAP 결과물의 리뷰 여부를 알리는 메일을 받은 후 2주 뒤에 공개된다. 논문을 곧 내야 하니 빨리 공개해달라고 너무 재촉하지 말고(하도 여러번 요청을 해서 미안한 감이 없지 않음) 이러한 정해진 일정에 맞추어 진행하도록 하자.
 +
 +===== 연도별 등록 상황(2015년말 이후) =====
 +
 +다음은 BioProject를 등록한 순서대로 기록하였다(2015년 말부터). SRA는 가급적 전부 등록하고자 노력하였다. 복수의 유전체 자료가 하나의 논문으로 출판된 사례도 있다. ​
 +==== 2015 ====
 +  - //​Rhodococcus//​ sp. KB6 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​PRJNA301531|PRJNA301531]] [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​biosample/​SAMN04251461|SAMN04251461]] [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​nuccore/​LNAK00000000.1/​|LNAK00000000]] [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​pubmed/​26767576|PMID:​ 26767576]]
 +
 +==== 2016 ====
 +  - //Bacillus thuringiensis//​ strain:KB1 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​312024|PRJNA312024]] SAMN04492775 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​nuccore/​LSNJ00000000|LSNJ00000000]] (accepted)(SRA uploaded)
 +  - //​Methylomonas//​ sp. DH-1 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​312260|PRJNA312260]] SAMN04496853
 +  - //Bacillus trypoxylicola//​ strain:KCTC 13244 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​313128|PRJNA313128]] SAMN04515757 LTAO00000000
 +  - //Bacillus endophyticus//​ strain:KCTC 13922 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​313129|PRJNA313129]] SAMN04515758 LTAP00000000
 +  - //Bacillus gaemokensis//​ strain:KCTC 13318 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​313130|PRJNA313130]] LTAQ00000000
 +  - //​Rhodococcus//​ sp. BH4 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​313101|PRJNA313101]] SAMN04538165 ​
 +  - //​Rhodococcus kyotonensis//​ strain:KB10 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​314554|PRJNA314554 by C.E. Hong]] SAMN04545449
 +  - //​Variovorax paradoxus// strain:KB5 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​314555|PRJNA314555 by C.E. Hong]] SAMN04545447
 +  - //​Pseudomonas putida// strain:KB9 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​314556|PRJNA314556 by C.E. Hong]] SAMN04545448
 +  - //​Bacillus//​ sp. KCTC 13219 [[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​bioproject/​314540|PRJNA314540]] SAMN04538164 LUFJ00000000
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my_ncbi_submission.txt · Last modified: 2016/03/11 09:54 by hyjeong