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ont_sequencing_data_analysis

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ont_sequencing_data_analysis [2019/03/15 09:15]
hyjeong [Data analysis for Oxford Nanopore sequencing]
ont_sequencing_data_analysis [2019/03/21 15:08] (current)
hyjeong [Data analysis for Oxford Nanopore sequencing]
Line 3: Line 3:
   * MinION Mk1B (product code MIN-101B)   * MinION Mk1B (product code MIN-101B)
   * Flow cell: Spot-On Flow cell MkI (product code FLO-MIN106 R9)   * Flow cell: Spot-On Flow cell MkI (product code FLO-MIN106 R9)
-  * 구동용 컴퓨터 I: Xeon E5520 @2.27, 16 GB memory, Ubuntu 14.04.5 LTS +  * 구동용 컴퓨터 I: Xeon E5520 @2.27, 16 GB memory, Ubuntu 14.04.5 LTS. (uname -a 명령 시 4.4.0-134-generic #​160~14.04.1-Ubuntu). USB 3.0 인터페이스 카드는 Via 805를 사용한 ipTIME PX300 Plus) MinKNOW v2.0.0으로 잘 동작. 
-  * 구동영 컴퓨터 II:+  * 구동용 컴퓨터 II: microbe server(Xeon E5-2640 x 2, SuperMicro X9DRI-F)에 같은 OS와 카드를 설치하였으나 인식이 되지 않음. /​etc/​default/​grub 파일에서 GRUB_CMDLINE_LINUX를 다음과 같이 변경하고 sudo update-grub을 한 뒤 재부팅을 하면 된다고 하였으나([[https://​bugzilla.redhat.com/​show_bug.cgi?​id=1376455|참고 1]] [[https://​askubuntu.com/​questions/​812372/​usb-3-0-express-card|참고 2]]) 여전히 여기에 꽂힌 USB 장비를 읽지 못함. 그러나 USB 3.0 카드를 다른 위치에 꽂으니 정상 작동함. 세상에 이럴 수가...
  
-EPI2ME에서는 더 이상 basecall을 진행하지 않으므로 Albacore를 설치하여 local basecalling을 하라는 고객 센터의 알림이 있었다. 단, MinKNOW 설정 창의 Basecalling(Live or None 중에 선택)에서 나타나는 Live basecalling은 Albacore를 뜻하는 것이 아니라 1D  sequencing protocol을 위해 내장된 것이다. 파이썬 2.7과 3.5(Albacore)를 번갈아 이용해야 하므로 pyenv를 활용하는 것을 권장한다.+  GRUB_CMDLINE_LINUX="​iommu=soft"​ 
 +  GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="​quiet splash pciehp.pciehp_force=1"​ 
 + 
 +EPI2ME에서는 더 이상 basecall을 진행하지 않으므로 Albacore를 설치하여 local basecalling을 하라는 고객 센터의 알림이 있었다. 단, MinKNOW 설정 창의 Basecalling(Live or None 중에 선택)에서 나타나는 Live basecalling은 Albacore를 뜻하는 것이 아니라 1D  sequencing protocol을 위해 내장된 것이다. 파이썬 2.7과 3.5(Albacore)를 번갈아 이용해야 하므로 pyenv를 활용하는 것을 권장한다. 혹은 anaconda도 좋다.
 ===== 처음에 해야 할 것 ===== ===== 처음에 해야 할 것 =====
 ==== 프로그램 설치 ==== ==== 프로그램 설치 ====
ont_sequencing_data_analysis.1552608919.txt.gz · Last modified: 2019/03/15 09:15 by hyjeong