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ont_sequencing_data_analysis

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ont_sequencing_data_analysis [2019/05/02 13:26]
hyjeong [처음에 해야 할 것]
ont_sequencing_data_analysis [2019/05/02 14:02] (current)
hyjeong [새로 시작하기]
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 EPI2ME에서는 더 이상 basecall을 진행하지 않으므로 Albacore를 설치하여 local basecalling을 하라는 고객 센터의 알림이 있었다. 단, MinKNOW 설정 창의 Basecalling(Live or None 중에 선택)에서 나타나는 Live basecalling은 Albacore를 뜻하는 것이 아니라 1D  sequencing protocol을 위해 내장된 것이다. 파이썬 2.7과 3.5(Albacore)를 번갈아 이용해야 하므로 pyenv를 활용하는 것을 권장한다. 혹은 anaconda도 좋다. EPI2ME에서는 더 이상 basecall을 진행하지 않으므로 Albacore를 설치하여 local basecalling을 하라는 고객 센터의 알림이 있었다. 단, MinKNOW 설정 창의 Basecalling(Live or None 중에 선택)에서 나타나는 Live basecalling은 Albacore를 뜻하는 것이 아니라 1D  sequencing protocol을 위해 내장된 것이다. 파이썬 2.7과 3.5(Albacore)를 번갈아 이용해야 하므로 pyenv를 활용하는 것을 권장한다. 혹은 anaconda도 좋다.
 ===== 새로 시작하기 ===== ===== 새로 시작하기 =====
-이 글은 2019년 5월 2일부터 작성하기 시작한다. 다음 섹션(처음에 해야 할 것) 이후의 글은 더 이상 유효하지 않다. MinKNOW를 이용하면 albacore를 별도로 설치하지 않아도 basecalling이 진행되고,​ 새로운 pomoxis에서는 ​read 간의 overlap을 de novo assembly 전에 산출할 필요가 다.+이 글은 2019년 5월 2일부터 작성하기 시작한다. 다음 섹션(처음에 해야 할 것) 이후의 글은 더 이상 유효하지 않다. MinKNOW를 이용하면 albacore를 별도로 설치하지 않아도 basecalling이 진행되고,​ 새로운 pomoxis에서는 ​wrapper script가 많은 것을 알아서 진행한다.
 ==== Best long read mapper? ==== ==== Best long read mapper? ====
 한동안 BWA-mem이 널리 쓰여 왔으나, 이제는 pomoxis에 포함되어 있는 minimap2가 최선인 것으로 보인다([[https://​lh3.github.io/​2018/​04/​02/​minimap2-and-the-future-of-bwa|참고 글]] 한동안 BWA-mem이 널리 쓰여 왔으나, 이제는 pomoxis에 포함되어 있는 minimap2가 최선인 것으로 보인다([[https://​lh3.github.io/​2018/​04/​02/​minimap2-and-the-future-of-bwa|참고 글]]
ont_sequencing_data_analysis.txt · Last modified: 2019/05/02 14:02 by hyjeong