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post-processing_of_pacbio_assemblies_using_circlator

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post-processing_of_pacbio_assemblies_using_circlator [2018/09/07 09:04]
hyjeong [HGAP 후 Resequencing의 2회 반복 시행 요령]
post-processing_of_pacbio_assemblies_using_circlator [2019/03/11 09:01] (current)
hyjeong [활용 방법]
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   * (인내심이 부족한 사람들을 위해) https://​github.com/​sanger-pathogens/​circlator/​wiki/​Brief-instructions   * (인내심이 부족한 사람들을 위해) https://​github.com/​sanger-pathogens/​circlator/​wiki/​Brief-instructions
  
-입력물은 contig sequence file과 corrected reads(fasta or fastq)이며,​ 기본 동작은 **all** task이다. 이를 실행하면 progcheck, mapreads, bam2reads, assemble, mergem clean 및 fixstart가 단계적으로 이루어진다. 기본 사용법은 다음과 같다. 첫줄의 $PATH 환경변수 설정은 각 상황에 맞게 알아서 실행하라.+입력물은 contig sequence file과 corrected reads(fasta or fastq)이며,​ 기본 동작은 **all** task이다. 이를 실행하면 progcheck, mapreads, bam2reads, assemble, mergem clean 및 fixstart가 단계적으로 이루어진다. 기본 사용법은 다음과 같다. 첫줄의 $PATH 환경변수 설정은 각 상황에 맞게 알아서 실행하라. 예를 들어서 bioconda 환경에 circlator를 설치하여 사용할 수도 있는 것이다.
  
   (필요한 경우) $ pyenv global 3.5.1   (필요한 경우) $ pyenv global 3.5.1
post-processing_of_pacbio_assemblies_using_circlator.txt · Last modified: 2019/03/11 09:01 by hyjeong