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reference_mapping_및_variant_calling

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reference_mapping_및_variant_calling [2018/04/30 14:16]
hyjeong [[1] 일반적인 과정]
reference_mapping_및_variant_calling [2018/04/30 14:16] (current)
hyjeong [(optional) 각 contig의 average read depth 산출]
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 bam 파일로 소팅한 다음 samtools depth 명령을 실행하면 reference 서열의 모든 염기 위치에 대한 read depth가 출력된다. 더욱 상세한 정보를 원한다면 samtools mpileup 명령을 쓰면 되나, 이번 작업에서는 그렇게까지는 할 필요가 없다. 다만 reference sequence 단위의 집계를 위해서 간단한 스크립트 [[read_depth.pl]]이 필요하다. samtools 1.4.1에서는 sort와 index에 관련한 명령어 문법이 약간 바뀌었으므로 [[http://​www.htslib.org/​doc/​samtools-1.4.1.html|매뉴얼 페이지]]를 참조하기 바란다. bam 파일로 소팅한 다음 samtools depth 명령을 실행하면 reference 서열의 모든 염기 위치에 대한 read depth가 출력된다. 더욱 상세한 정보를 원한다면 samtools mpileup 명령을 쓰면 되나, 이번 작업에서는 그렇게까지는 할 필요가 없다. 다만 reference sequence 단위의 집계를 위해서 간단한 스크립트 [[read_depth.pl]]이 필요하다. samtools 1.4.1에서는 sort와 index에 관련한 명령어 문법이 약간 바뀌었으므로 [[http://​www.htslib.org/​doc/​samtools-1.4.1.html|매뉴얼 페이지]]를 참조하기 바란다.
  
-  $ samtools sort -o BL21_sorted BL21.bam+  $ samtools sort -o BL21_sorted.bam BL21.bam
   $ samtools depth BL21_sorted.bam (출력물이 어떠한지 관찰해 보기)   $ samtools depth BL21_sorted.bam (출력물이 어떠한지 관찰해 보기)
   $ samtools depth BL21_sorted.bam | read_depth.pl > depth.csv   $ samtools depth BL21_sorted.bam | read_depth.pl > depth.csv
reference_mapping_및_variant_calling.txt · Last modified: 2018/04/30 14:16 by hyjeong