User Tools

Site Tools


Sidebar

This is the sidebar. Without it, the main text is too wide!

server_installation

Server installation

(본 페이지는 단순히 참고를 위한 것임; 이미 실습용 서버에는 세팅이 완료되어 있으므로 수강생 여러분께서는 이를 실행할 필요가 없습니다)

H/W and OS info

  • KT cloud, 8 core, memory 64 GB, 600 GB(/DATA)
  • Ubuntu 12.04.5 LTS “Precise Pangolin”

프로그램 설치

apt-get 동작이 원활하지 않아서 repository(/etc/apt/sources.list)를 전부 ftp.daum.net으로 바꾸었다.

apt-get으로 설치한 것

  • firefox
  • evince
  • emboss
  • gnuplot-x11
  • build-essential
  • zlib1g-dev
  • default-jre
  • git
  • csh
  • ncbi-blast+
  • gedit
  • xterm
  • gv(evince로 postscript 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gv 설치)
  • gpicview (eog로 png 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gpicview 설치)

수동 설치

패키지를 직접 다운로드하여 설치한 것들은 /usr/local/Bio에 각각 별도의 디렉토리로 존재함

  • a5_miseq_linux_20140604 link
  • artemis link
  • bowtie2-2.2.6 link (최신 버전은 2.2.7)
  • FastQC link
  • MUMmer3.23 link
  • seqtk link
  • ssaha2_v2.5.5_x86_64 link
  • velvet_1.2.10 link (make 'MAXKMERLEGNTH=127')
  • /usr/local/Bio/bin에는 기타 파일들이 위치함
$ ls /usr/local/Bio/bin/
fastaSplit.pl  gc_skew.pl  getinsertsize.py  n50.pl  run-mummer4.sh  sff_extract  SolexaQA++

실습용 데이터 디렉토리 구성

  • /DATA/day_2/00_example_data에 각 파트별로 데이터가 존재함
  • /DATA/day_2/01_results에 실행 결과물이 있음
server_installation.txt · Last modified: 2016/02/17 14:08 (external edit)