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setup_a_testing_server

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setup_a_testing_server [2019/11/16 20:55]
hyjeong [mg-GlobOS 0.11 (1911)의 기본 환경 및 Anaconda3 설치하기]
setup_a_testing_server [2020/01/16 16:51]
hyjeong [수작업으로 설치한 프로그램(~/apps)]
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   user wheel vboxsf   user wheel vboxsf
  
-관리자 권한을 일절 쓰지 않고 필요한 프로그램을 설치하기 위해 노력하였다. 그러려면 bioconda에 의존하지 않을 수 없다. 처음에는 실습일 기준(2019년 11월) 최신 anaconda 설치 파일([[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh|Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh]])을 쓰고자 하였으나 이는 CentOS 7.7 가상머신 환경에서 설치되지 않아서(yum update를 한 뒤에는 문제가 없음을 나중에 확인하였음) 부득이하게 [[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh|2019.07]] 버전을 사용하였고, 실습에 쓰인 KOBIC 서버에도 이를 설치하였었다.+관리자 권한을 일절 쓰지 않고 필요한 프로그램을 설치하기 위해 노력하였다. 그러려면 bioconda에 의존하지 않을 수 없다. 처음에는 실습일 기준(2019년 11월) 최신 anaconda 설치 파일([[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh|Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh]])을 쓰고자 하였으나 이는 CentOS 7.7 가상머신 환경에서 설치되지 않아서 부득이하게 [[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh|2019.07]] 버전을 사용하였고, 실습에 쓰인 KOBIC 서버에도 이를 설치하였었다.
  
 {{ ::anaconda3-2019-10_installation_failure.png?400 |VirtualBox의 CentOS 7.7 가상머신에서 Anaconda3-2019.10이 설치되지 못하는 화면}} {{ ::anaconda3-2019-10_installation_failure.png?400 |VirtualBox의 CentOS 7.7 가상머신에서 Anaconda3-2019.10이 설치되지 못하는 화면}}
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   * [[https://ncbi.github.io/sra-tools/install_config.html|sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64]]   * [[https://ncbi.github.io/sra-tools/install_config.html|sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64]]
   * [[http://cube.univie.ac.at/gepard|Gepard]]   * [[http://cube.univie.ac.at/gepard|Gepard]]
-  * [[https://www.wsi.uni-tuebingen.de/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/dendroscope/|dendroscope]] openjdk-11(conda base에서 fastqc 설치될 때 같이 깔림)가 마련된 이후에 설치할 것.+  * [[https://www.wsi.uni-tuebingen.de/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/dendroscope/|dendroscope]] [[https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/dendroscope3/welcome.html|다운로드 페이지]] openjdk-11(conda base에서 fastqc 설치될 때 같이 깔림)가 마련된 이후에 설치할 것.
   * [[https://github.com/marbl/canu|canu ]] 처음에는 bioconda package를 설치했었으나 circlator 실행에서 버전을 확인할 수 없다는 에러가 발생하여 소스로부터 컴파일하였다. Canu snapshot v1.8 +519 changes   * [[https://github.com/marbl/canu|canu ]] 처음에는 bioconda package를 설치했었으나 circlator 실행에서 버전을 확인할 수 없다는 에러가 발생하여 소스로부터 컴파일하였다. Canu snapshot v1.8 +519 changes
   * [[https://github.com/tseemann/snippy|snippy]] bioconda를 통해 설치한 것은 snpEff 실행 과정에서 에러가 발생한다. 이것을 쓰기 바람. version 4.4.5   * [[https://github.com/tseemann/snippy|snippy]] bioconda를 통해 설치한 것은 snpEff 실행 과정에서 에러가 발생한다. 이것을 쓰기 바람. version 4.4.5
setup_a_testing_server.txt · Last modified: 2020/01/16 16:51 by hyjeong