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taxonimic_profiling_from_metagenome_sequences

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taxonimic_profiling_from_metagenome_sequences [2019/02/18 09:20]
hyjeong [PhyloSift - mining the global metagenome]
taxonimic_profiling_from_metagenome_sequences [2019/03/08 09:47] (current)
hyjeong [Assembly completeness의 점검(assembled isolate genome)]
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 PS_temp/​contigs.fa/​blastDir/​marker_summary.txt 파일을 열어서 DNGNGWU00001-00040의 37개 마커가 온전히 한 벌씩 있는지 확인한다([[https://​phylosift.wordpress.com/​tutorials/​scripts-markers/​|PhyloSift reference marker genes]]. 마커의 번호는 40까지 있지만 4/​8/​38번은 더 이상 사용되지 않으므로 총 37개이며,​ 13번 마커는 가끔 복수로 존재하기도 한다. 물론 이 분석 방법이 완벽한 것은 아니다. 출력 디렉토리를 바꾸려면 --output <​directory name> 옵션을 준다. PS_temp/​contigs.fa/​blastDir/​marker_summary.txt 파일을 열어서 DNGNGWU00001-00040의 37개 마커가 온전히 한 벌씩 있는지 확인한다([[https://​phylosift.wordpress.com/​tutorials/​scripts-markers/​|PhyloSift reference marker genes]]. 마커의 번호는 40까지 있지만 4/​8/​38번은 더 이상 사용되지 않으므로 총 37개이며,​ 13번 마커는 가끔 복수로 존재하기도 한다. 물론 이 분석 방법이 완벽한 것은 아니다. 출력 디렉토리를 바꾸려면 --output <​directory name> 옵션을 준다.
  
-만약 여러 assembly에 대하여 phylosift를 동시에 실행하려면 GNU Parallel을 쓰는 것이 좋다. 작업한 contig sequence file의 목록이 in_file.list에 수록된 경우 다음과 같이 실행한다. 이를 적당한 alignment viewer에서 보거나 또는 트리를 그리면 된다.+만약 여러 assembly에 대하여 phylosift를 동시에 실행하려면 GNU Parallel을 쓰는 것이 좋다. 작업한 contig sequence file의 목록이 in_file.list에 수록된 경우 다음과 같이 실행한다. ​
  
   $ parallel -a in_file.list phylosift search --unique --besthit --isolate   $ parallel -a in_file.list phylosift search --unique --besthit --isolate
taxonimic_profiling_from_metagenome_sequences.txt · Last modified: 2019/03/08 09:47 by hyjeong