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all_about_illumina_sequence_assembly_for_microbial_genomes [2017/10/13 16:49]
hyjeong [개요]
all_about_illumina_sequence_assembly_for_microbial_genomes [2017/10/13 16:59]
hyjeong [All about Illumina sequence assembly for microbial genomes]
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 ====== All about Illumina sequence assembly for microbial genomes ====== ====== All about Illumina sequence assembly for microbial genomes ======
-gzip 압축이 된 **Illumina paired fastq file**(file_1.fastq.gz & file_2.fastq.gz)을 시작점으로 한다. 여기에서 다루는 방법은 어디까지나 나의 경험에 의한 제안일 뿐, 반드시 이를 지켜야 하는 것은 아니다. 생소한 이름의 shell script는 내가 직접 작성하거나,​ 인터넷에 공유된 것을 수정한 것이다. 이 페이지는 아직 완성되지 않은 상태이다.+본 문서에서 소개한 사례에서는 ​gzip 압축이 된 **Illumina paired fastq file**(file_1.fastq.gz & file_2.fastq.gz)을 시작점으로 한다. 여기에서 다루는 방법은 어디까지나 나의 경험에 의한 제안일 뿐, 반드시 이를 지켜야 하는 것은 아니다. 생소한 이름의 shell script는 내가 직접 작성하거나,​ 인터넷에 공유된 것을 수정한 것이다. 이 페이지는 아직 완성되지 않은 상태이다. 
 +===== 이제 3세대 시퀀싱 기법(3GS)의 시대 아닌가? ===== 
 +맞다! PacBio RSII이 de novo sequencing의 새로운 강자로 부상하고 있고, Oxford Nanopore Technologies의 nanopore sequencing도 점점 많은 사람들의 관심을 끌고 있다. 그럼에도 불구하고 일루미나 시퀀싱 데이터를 이용한 분석 작업을 비용 대비 throughput이 가장 높은 방법으로서 여전히 중요하다고 생각한다. 본인 역시 3GS를 활발하게 사용하고 있으며, 이를 활용하기 위한 소프트웨어를 익힌는 데에도 열심이다.
 ===== 일반적인 주의사항 ===== ===== 일반적인 주의사항 =====
 ==== Read length ==== ==== Read length ====
all_about_illumina_sequence_assembly_for_microbial_genomes.txt · Last modified: 2017/10/13 17:15 by hyjeong