User Tools

Site Tools


day2_practice1

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

day2_practice1 [2017/12/12 11:51] (current)
hyjeong created
Line 1: Line 1:
 +  .Platform 
 +  setwd('/BiO/example/dataset'
 +  raw_dat = read.csv(file="Ex_data.csv", 
 +                     header=T,stringsAsFactors=F) 
 +  head(raw_dat[,1:20]) # 열의수가 많아 1:20의 열만 선택 
 +  dim(raw_dat) 
 +   
 +  # gl ( group의 수, group의 크기 ) 
 +  # 1,2,group의 수 해당하는 Factor 형 벡터 생성 
 +  gr_ind = gl(2, 221) # 1 x 221, 2 x 221 = c(1,...,1,2,...,2) 
 +   
 +  dat_mat <- t(as.matrix(raw_dat[,-1])) 
 +  dim(dat_mat) 
 +  rownames(dat_mat) <- paste0("S",1:nrow(dat_mat)) 
 +  colnames(dat_mat) <- raw_dat[,1] 
 +  head(dat_mat[,1:20]) 
 +   
 +  indx <- which(is.na(dat_mat),T) 
 +  indx 
 +  col_ind = indx[,2] 
 +  col_m = apply(dat_mat[,col_ind],2,mean,na.rm=T) 
 +  col_m 
 +  dat_mat[indx] = col_m 
 +  sum(is.na(dat_mat)) 
 +  dim(dat_mat) 
 +   
 +  uq_names <- unique(colnames(dat_mat)) 
 +  p <- length(uq_names) ; n <- dim(dat_mat)[1] 
 +  expr_dat <- matrix(0,n,p) 
 +  for(i in 1:p) { 
 +    expr_dat[,i] = apply(as.matrix( 
 +      dat_mat[,colnames(dat_mat)==uq_names[i]]),1,mean) 
 +    cat('\n',i,'-th step') } 
 +  colnames(expr_dat) <- uq_names 
 +  rownames(expr_dat) <- rownames(dat_mat) 
 +  head(expr_dat[,1:20]) 
 +  dim(expr_dat); sum(is.na(expr_dat)) 
 +   
 +  #Set working directory 
 +  setwd('./'
 +  # Read a dataset 
 +  dat = read.table("Ex211.txt",header=T) 
 +  head(dat) 
 +  dat$Job 
 +  attach(dat) 
 +  Job 
 +  plot(Job, main="직업의 막대그림", ylab="인원수(명)", ylim=c(0,15)) 
 +  box() 
 +  freq = table(dat[,6]) 
 +  barplot(freq) 
 +   
 +   
 +  data(VADeaths) 
 +  library(gplots) 
 +  #x11() 
 +  barplot2(VADeaths, beside = TRUE,  
 +           col = gray(seq(0.4,0.9,length=5)), 
 +           legend = rownames(VADeaths), 
 +           ylim = c(0, 100)) 
 +  title(main = "Death Rates in Virginia",font.main = 4) 
 +   
 +  hh <- t(VADeaths)[,5:1] 
 +  mybarcol <- "gray20" 
 +  ci.l <- hh * 0.85 
 +  ci.u <- hh * 1.15 
 +  mp <- barplot2(hh, beside = TRUE,  
 +        col = gray(seq(0.4,0.9,length=5)),  
 +        legend = colnames(VADeaths),  
 +        ylim = c(0, 100),  
 +        main = "Death Rates in Virginia",  
 +        font.main = 4, 
 +        sub = "Faked 95 percent error bars",  
 +        cex.names = 1.5,  
 +        plot.ci = TRUE,  
 +        ci.l = ci.l, ci.u = ci.u, plot.grid = TRUE) 
 +  box() 
 +   
 +   
 +   
 +  #x11() 
 +  pie(freq, main="직업의 원그림"
 +  pie(rep(1, 24), col = rainbow(24), radius = 0.9) 
 +  pie.sales <- c(0.12, 0.3, 0.26, 0.16, 0.04, 0.12) 
 +  lbl =  c("Blueberry", "Cherry", 
 +           "Apple", "Boston Cream", "Other", "Vanilla Cream"
 +  names(pie.sales) = paste0(lbl," (",pie.sales*100,"%)"
 +  pie(pie.sales, col=rainbow(length(pie.sales))) 
 +   
 +   
 +  # histogram 
 +  x <- expr_dat[,10] 
 +  #x11() 
 +  hist(x,breaks= 20,col="gray",main=uq_names[10]) 
 +  hist(x,breaks= 40,freq=F,col="lightblue",main=uq_names[10]) 
 +  hist(x,breaks= 40,plot=F) 
 +   
 +   
 +  #boxplot 
 +  mat = expr_dat[,c(3,4,7,8)] 
 +  #x11() # 비어있는 그림 창 생성 
 +  boxplot(mat) 
 +  res = boxplot(mat,plot=F) 
 +  res 
 +   
 +  #x11() 
 +  c_name = colnames(expr_dat) 
 +  plot(expr_dat[,1],expr_dat[,2],type='l',xlab=c_name[1],ylab=c_name[2]) 
 +  #windows() 
 +  plot(expr_dat[,3],expr_dat[,4],type='l',xlab=c_name[1],ylab=c_name[2]) 
 +   
 +  # plot  
 +  pop_dat = read.csv(file='table_2_2.csv'
 +  #x11() 
 +  plot(pop_dat[,1],pop_dat[,2],type='l',xlab='연도',ylab='인구수'
 +  #windows() 
 +  plot(pop_dat[,1],pop_dat[,2],type='b',xlab='연도',ylab='인구수'
 +   
 +  # scatter plot 
 +  #x11() 
 +  # pch는 점의 모양 선택, (e.g., pch=16 => 채워진 원) 
 +  ind1 = 8; ind2=12 
 +  plot(expr_dat[,ind1],expr_dat[,ind2],type='p',pch=16, 
 +       xlab=uq_names[ind1],ylab=uq_names[ind2]) 
 +  cor_mat = cor(expr_dat) 
 +  which.max(cor_mat[ind1,-ind1]) 
 +  ind1 = 8; ind2=200 
 +  plot(expr_dat[,ind1],expr_dat[,ind2],type='p',pch=16, 
 +       xlab=uq_names[ind1],ylab=uq_names[ind2]) 
 +   
 +   
 +  #x11() 
 +  #pairs example 
 +  ind = c(2,8,12,200) 
 +  pairs(expr_dat[,ind]) 
 +  pairs(expr_dat[,ind], "Expression Data", 
 +        pch = 21, bg = c("red", "blue")[gr_ind]) 
 +   
 +   
 +  # Stat 
 +  mean(expr_dat[,10]) 
 +  median(expr_dat[,10]) 
 +   
 +  x = c(1,2,3,1,2,5,5,3,3,3,2) 
 +  tb_x = table(x); tb_x 
 +  as.numeric(names(tb_x)[which.max(tb_x)]) 
 +  Mode = function(vec) { 
 +    tb = table(vec) 
 +    return(as.numeric(names(tb)[which.max(tb)])) } 
 +  Mode(x) 
 +   
 +  quantile(expr_dat[,1],0.25) 
 +  quantile(expr_dat[,1],c(0.25,0.5,0.75)) 
 +   
 +  min(expr_dat[,1]) 
 +  max(expr_dat[,1]) 
 +  range(expr_dat[,1]) 
 +   
 +  x <- rnorm(100) 
 +  summary(x) # 수치형 자료의 summary  
 +  y <- c('red','blue','red','white'
 +  summary(y) # 문자형 자료의 summary 
 +  f.y <- factor(y); summary(f.y) # 요인의 summary 
 +   
 +  var(expr_dat[,1]) 
 +  sum((expr_dat[,1]-mean(expr_dat[,1]))^2)/(n-1) 
 +  sd(expr_dat[,1]) 
 +   
 +  # CV 
 +  height=c(72, 74, 68, 76, 74, 69, 72, 79, 70, 69, 77, 73) 
 +  sd(height)/mean(height)*100 
 +   
 +   
 +  install.packages("moments"
 +  library(moments) 
 +  skewness(expr_dat[,1]) 
 +  kurtosis(expr_dat[,1]) 
 +  hist(expr_dat[,1],freq=F) 
 +  x = seq(5.5,8.5,length=100) 
 +  lines(x,dnorm(x,mean=mean(expr_dat[,1]),sd(expr_dat[,1]))) 
 +   
 +  # contingency table 
 +  #1차원 도수분포표 
 +  table(mtcars$cyl) 
 +  table(mtcars$am) 
 +  #2차원 분할표 
 +  table(mtcars$cyl,mtcars$am) 
 +  #3차원 분할표 
 +  table(mtcars$cyl,mtcars$am,mtcars$gear) 
 +   
 +  # cov , cor 
 +  cov(expr_dat[,1],expr_dat[,5]) 
 +  cov(expr_dat[,c(1,5,8)]) 
 +  var(expr_dat[,1]) 
 +   
 +  cor(expr_dat[,1],expr_dat[,5]) 
 +  cor(expr_dat[,c(1,5,8)]) 
 +   
 +  
day2_practice1.txt · Last modified: 2017/12/12 11:51 by hyjeong