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gnu_parallel

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gnu_parallel [2017/11/13 08:09]
hyjeong
gnu_parallel [2019/09/04 10:43]
hyjeong [GNU Parallel 활용 가이드]
Line 22: Line 22:
   $ parallel -a sourcelist -a destlist -j8 restrict -sitelen 4 -enzymes EcoRI,​BamHI,​HindIII -sequence {1} -outfile {2}   $ parallel -a sourcelist -a destlist -j8 restrict -sitelen 4 -enzymes EcoRI,​BamHI,​HindIII -sequence {1} -outfile {2}
  
-만약 어떤 파일에 완벽한 상태의 command가 여러 줄 들어있고,​ 이를 병렬 실행하려면 어떻게 하면 좋을까? 다시말해서 parallel 명령어에 인수를 전달하는 것이 아니라 명령행 자체를 제공하려면?​ 아주 간단하다.+**만약 어떤 파일에 완벽한 상태의 command가 여러 줄 들어있고,​ 이를 병렬 실행하려면 어떻게 하면 좋을까?** 다시말해서 parallel 명령어에 인수를 전달하는 것이 아니라 명령행 자체를 제공하려면?​ 아주 간단하다.
  
   $ parallel -a sourcefile {}   $ parallel -a sourcefile {}
   ​   ​
-{.}, {/} 등은 sourcefile에서 넘어오는 라인에 대하여 다양한 조작을 할 수 있게 만들어 준다. 상세한 설명은 man parallel을 해 보라.+{.}, {/} 등은 sourcefile에서 넘어오는 라인에 대하여 다양한 조작을 할 수 있게 만들어 준다. ​SRR_Acc_List.txt에 SRA Run accession이 한 줄에 하나씩 들어있다고 가정하자. 이를 일괄적으로 다운로드하여 fastq로 전환하는 방법을 알아보자.  
 + 
 +  $ parallel -j 1 prefetch {} ::: $(cat SRR_Acc_List.txt) 
 +  $ parallel -j 1 fastq-dump --skip-technical -F --split-files -O fastq {} ::: $(cat SRR_Acc_List.txt) 
 + 
 +상세한 설명은 man parallel을 해 보라.
  
 ===== 외부 자료 ===== ===== 외부 자료 =====
gnu_parallel.txt · Last modified: 2019/09/04 10:43 by hyjeong