User Tools

Site Tools


gnu_parallel

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
gnu_parallel [2018/05/09 17:03]
hyjeong [GNU Parallel 활용 가이드]
gnu_parallel [2019/09/04 10:43] (current)
hyjeong [GNU Parallel 활용 가이드]
Line 26: Line 26:
   $ parallel -a sourcefile {}   $ parallel -a sourcefile {}
   ​   ​
-{.}, {/} 등은 sourcefile에서 넘어오는 라인에 대하여 다양한 조작을 할 수 있게 만들어 준다. 상세한 설명은 man parallel을 해 보라.+{.}, {/} 등은 sourcefile에서 넘어오는 라인에 대하여 다양한 조작을 할 수 있게 만들어 준다. ​SRR_Acc_List.txt에 SRA Run accession이 한 줄에 하나씩 들어있다고 가정하자. 이를 일괄적으로 다운로드하여 fastq로 전환하는 방법을 알아보자.  
 + 
 +  $ parallel -j 1 prefetch {} ::: $(cat SRR_Acc_List.txt) 
 +  $ parallel -j 1 fastq-dump --skip-technical -F --split-files -O fastq {} ::: $(cat SRR_Acc_List.txt) 
 + 
 +상세한 설명은 man parallel을 해 보라.
  
 ===== 외부 자료 ===== ===== 외부 자료 =====
gnu_parallel.1525853015.txt.gz · Last modified: 2018/05/09 17:03 by hyjeong