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my_ncbi_submission

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hyjeong [2016]
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 +====== My NCBI Submission ======
 +===== 유의할 사항 =====
 +  - 등록 때에는 description이나 alias에 그저 생물학적 시료의 이름을 나열하는 것보다 좀 더 신경써서 기록하는 것이 나중에 도움이 된다. 웹 브라우저에서 가장 먼저 보이는 것은 title이 아니고 alias이므로 여기에 정보를 함축적으로 담는 것이 바람직하다. 특히 SRA의 Experiment level에서는 시퀀싱 플랫폼이 드러나게 alias를 설정하는 것도 좋을 것이다.
 +  - WGS으로 등록한 유전체 서열에 대해 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/|PGAP]](Prokaryotic Genome Annotation Pipeline)을 요청하면 특별한 문제가 없는한 이틀 정도 후에 이메일로 PGAP이 완료되었으니 원하면 결과물을 수정하라는 통보가 온다. 등록 당시 데이터 공개일을 '즉시'로 요청한 경우에는 PGAP 결과물의 리뷰 여부를 알리는 메일을 받은 후 2주 뒤에 공개된다. 논문을 곧 내야 하니 빨리 공개해달라고 너무 재촉하지 말고(하도 여러번 요청을 해서 미안한 감이 없지 않음) 이러한 정해진 일정에 맞추어 진행하도록 하자.
 +
 +===== 연도별 등록 상황(2015년말 이후) =====
 +
 +다음은 BioProject를 등록한 순서대로 기록하였다(2015년 말부터). SRA는 가급적 전부 등록하고자 노력하였다. 복수의 유전체 자료가 하나의 논문으로 출판된 사례도 있다. 
 +==== 2015 ====
 +  - //Rhodococcus// sp. KB6 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA301531|PRJNA301531]] [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/SAMN04251461|SAMN04251461]] [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LNAK00000000.1/|LNAK00000000]] [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26767576|PMID: 26767576]]
 +
 +==== 2016 ====
 +  - //Bacillus thuringiensis// strain:KB1 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/312024|PRJNA312024]] SAMN04492775 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LSNJ00000000|LSNJ00000000]] (accepted)(SRA uploaded)
 +  - //Methylomonas// sp. DH-1 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/312260|PRJNA312260]] SAMN04496853
 +  - //Bacillus trypoxylicola// strain:KCTC 13244 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/313128|PRJNA313128]] SAMN04515757 LTAO00000000
 +  - //Bacillus endophyticus// strain:KCTC 13922 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/313129|PRJNA313129]] SAMN04515758 LTAP00000000
 +  - //Bacillus gaemokensis// strain:KCTC 13318 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/313130|PRJNA313130]] LTAQ00000000
 +  - //Rhodococcus// sp. BH4 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/313101|PRJNA313101]] SAMN04538165 
 +  - //Rhodococcus kyotonensis// strain:KB10 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/314554|PRJNA314554 by C.E. Hong]] SAMN04545449
 +  - //Variovorax paradoxus// strain:KB5 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/314555|PRJNA314555 by C.E. Hong]] SAMN04545447
 +  - //Pseudomonas putida// strain:KB9 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/314556|PRJNA314556 by C.E. Hong]] SAMN04545448
 +  - //Bacillus// sp. KCTC 13219 [[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/314540|PRJNA314540]] SAMN04538164 LUFJ00000000
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my_ncbi_submission.txt · Last modified: 2016/03/11 09:54 by hyjeong