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ont_sequencing_data_analysis

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ont_sequencing_data_analysis [2019/05/02 14:02]
hyjeong [새로 시작하기]
ont_sequencing_data_analysis [2019/09/17 13:34]
hyjeong [QC using poretools]
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 만약 ONT cloud에서 basecall을 했다면(즉 Metrichor를 이용했다면) 업로드된 fast5 파일은 처리를 거쳐서 pass와 fail 디렉토리로 나뉘어 다운로드된다. pass에는 바코드에 의해 성공적으로 분리되고 사전에 정의된 threshold를 넘는 mean base quality score를 넘는 read들이 쌓인다. 만약 ONT cloud에서 basecall을 했다면(즉 Metrichor를 이용했다면) 업로드된 fast5 파일은 처리를 거쳐서 pass와 fail 디렉토리로 나뉘어 다운로드된다. pass에는 바코드에 의해 성공적으로 분리되고 사전에 정의된 threshold를 넘는 mean base quality score를 넘는 read들이 쌓인다.
 ===== QC using poretools ===== ===== QC using poretools =====
-[[https://​poretools.readthedocs.io/​en/​latest/​|portools]]를 사용하려면 basecall 정보가 담긴 fast5이 필요하므로,​ MinKNOW가 생성한 fast5 파일을 그대로 사용하면 안된다. 아래에서 설명한 바와 같이 Albacore를 사용하여 basecall을 한 fast5 파일을 먼저 만들도록 한다. 처음에는 이와 같은 사실을 몰라서 왜 첫 러닝한 fast5에 아무런 정보가 없는 것일까하고 무척 고민을 많이 하였다.+[[https://​poretools.readthedocs.io/​en/​latest/​|poretools]]를 사용하려면 basecall 정보가 담긴 fast5이 필요하므로,​ MinKNOW가 생성한 fast5 파일을 그대로 사용하면 안된다. 아래에서 설명한 바와 같이 Albacore를 사용하여 basecall을 한 fast5 파일을 먼저 만들도록 한다. 처음에는 이와 같은 사실을 몰라서 왜 첫 러닝한 fast5에 아무런 정보가 없는 것일까하고 무척 고민을 많이 하였다.
  
 poretools에서는 유용한 diagnostic plot을 만들어내는 기능이 있다. 그러나 십중팔구 다음과 같은 에러 메시지가 나올 가능성이 크다. 참고로 Tkinter는 파이썬 모듈, _tkinter는 C 모듈이다. poretools에서는 유용한 diagnostic plot을 만들어내는 기능이 있다. 그러나 십중팔구 다음과 같은 에러 메시지가 나올 가능성이 크다. 참고로 Tkinter는 파이썬 모듈, _tkinter는 C 모듈이다.
ont_sequencing_data_analysis.txt · Last modified: 2019/09/17 13:34 by hyjeong