User Tools

Site Tools


server_installation

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

server_installation [2016/02/16 19:42]
hyjeong [apt-get으로 설치한 것]
server_installation [2016/02/17 14:08]
Line 1: Line 1:
-====== Server installation ====== 
-(본 페이지는 단순히 참고를 위한 것임; 이미 실습용 서버에는 세팅이 완료되어 있으므로 수강생 여러분께서는 이를 실행할 필요가 없습니다) 
-===== H/W and OS info ===== 
-  * KT cloud, 8 core, memory 64 GB, 600 GB(/DATA) 
-  * Ubuntu 12.04.5 LTS "​Precise Pangolin"​ 
  
-===== 프로그램 설치 ===== 
-apt-get 동작이 원활하지 않아서 repository(/​etc/​apt/​sources.list)를 전부 ftp.daum.net으로 바꾸었다. 
-===== apt-get으로 설치한 것 ===== 
-  * firefox 
-  * evince 
-  * emboss 
-  * gnuplot-x11 
-  * build-essential 
-  * zlib1g-dev 
-  * default-jre 
-  * git 
-  * csh 
-  * ncbi-blast+ 
-  * gedit 
-  * xterm 
-  * gv(evince로 postscript 파일을 여는 것이 원활하지 않아서 gv 설치) 
-===== 수동 설치 ===== 
-패키지를 직접 다운로드하여 설치한 것들은 /​usr/​local/​Bio에 각각 별도의 디렉토리로 존재함 
-  * a5_miseq_linux_20140604 [[https://​sourceforge.net/​projects/​ngopt/​|link]] ​ 
-  * artemis [[http://​www.sanger.ac.uk/​science/​tools/​artemis|link]] ​ 
-  * bowtie2-2.2.6 [[https://​sourceforge.net/​projects/​bowtie-bio/​files/​bowtie2/​2.2.6/​|link]] (최신 버전은 2.2.7) ​ 
-  * FastQC [[http://​www.bioinformatics.babraham.ac.uk/​projects/​fastqc/​|link]] 
-  * MUMmer3.23 [[http://​mummer.sourceforge.net/​|link]] ​ 
-  * seqtk [[https://​github.com/​lh3/​seqtk|link]] 
-  * ssaha2_v2.5.5_x86_64 [[http://​www.sanger.ac.uk/​science/​tools/​ssaha2-0|link]] 
-  * velvet_1.2.10 [[https://​www.ebi.ac.uk/​~zerbino/​velvet/​|link]] (make '​MAXKMERLEGNTH=127'​) 
-  * BioPerl [[http://​www.bioperl.org/​wiki/​Installing_BioPerl_on_Ubuntu_Server|설치 방법 참조]] 
-  * /​usr/​local/​Bio/​bin에는 기타 파일들이 위치함 
-  ​ 
- 
-  $ ls /​usr/​local/​Bio/​bin/​ 
-  fastaSplit.pl ​ gc_skew.pl ​ getinsertsize.py ​ n50.pl ​ run-mummer4.sh ​ sff_extract ​ SolexaQA++ 
-===== 실습용 데이터 디렉토리 구성 ===== 
-  * /​DATA/​day_2/​00_example_data에 각 파트별로 데이터가 존재함 
-  * /​DATA/​day_2/​01_results에 실행 결과물이 있음 
server_installation.txt · Last modified: 2016/02/17 14:08 (external edit)