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to_be_renamed [2019/04/23 13:15]
hyjeong [Roary]
to_be_renamed [2019/06/27 11:24] (current)
hyjeong [LS-BSR]
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 LS-BSR의 간단한 사용법을 알아보자. genome sequence 파일은 확장자가 .fasta가 아니면 작동을 하지 않는다. markers.fasta는 항상 유전자 LS-BSR의 간단한 사용법을 알아보자. genome sequence 파일은 확장자가 .fasta가 아니면 작동을 하지 않는다. markers.fasta는 항상 유전자
  ​염기서열 파일이어야 한다. 검색용 프로그램은 기본이 tblastn이며(단백질로 번역을 먼저 함), 만약 blastn을 쓰고 싶으면 -b blastn을 더해야 한다. -x test라고 지정하면 test라는 디렉토리를 임시로 생성하여 중간 계산 파일을 넣은 뒤, 최종  ​염기서열 파일이어야 한다. 검색용 프로그램은 기본이 tblastn이며(단백질로 번역을 먼저 함), 만약 blastn을 쓰고 싶으면 -b blastn을 더해야 한다. -x test라고 지정하면 test라는 디렉토리를 임시로 생성하여 중간 계산 파일을 넣은 뒤, 최종
- ​결과 파일은 '​test_'​로 시작하는 접두사를 갖고 만들어진다. 분석이 끝나면 test 디렉토리는 없어진다. /home/hyjeong/github/LS-BSR을 사용해라. --- //​[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] ​2018/04/26 15:52//+ ​결과 파일은 '​test_'​로 시작하는 접두사를 갖고 만들어진다. 분석이 끝나면 test 디렉토리는 없어진다. /usr/local/apps/LS-BSR/ls_bsr.py을 사용해라. 비록 conda를 이용하여 LS-BSR을 설치했다 하여도 이는 environment만 구성할 뿐, 실제 작동 스크립트 등은 git로 깔았기 때문이다. --- //​[[hyjeong@kribb.re.kr|Haeyoung Jeong]] ​2019/06/27 11:22//
  
   # gene screen method (peptides in interest are ready)   # gene screen method (peptides in interest are ready)
to_be_renamed.1555992957.txt.gz · Last modified: 2019/04/23 13:15 by hyjeong